289系は、683系2000番台から交流機器を撤去して改番された形式です。

2015年3月に北陸新幹線（金沢～東京間）が開通したことによって、金沢～越後湯沢間を結んでいた「はくたか」号が廃止されました。そのため、681系・683系に余剰が発生し、「しらさぎ」号の683系2000番台を直流化工事して誕生しました。

683系2000番台は5両編成と3両編成が存在していましたが、5両編成を6両編成と4両編成に組み替えて、6両編成は京都総合運転所（当時）に、4両編成は福知山電車区に配属されます。（3両編成は両方に割り振り）

2016年からは、全室グリーン車を半室グリーンに改造する工事が施工されています。

2019年、福知山電車区に転属した289系3両編成2本が、交流機器を復元の上683系2000番台に復番し金沢総合車両所に転属しています。